W filmie "Klopsiki kontratakują", Flint Lockwood i jego przyjaciele odkrywają, że na wyspie Swallows Falls pozostały spore resztki wcześniejszej działalności młodego wynalazcy. Nowy film rozpoczyna się dokładnie minutę po zakończeniu akcji pierwszej części: Flint Lockwood zniszczył swój największy wynalazek - Replikator Żywności. Okazał się on olbrzymim sukcesem, jeśli chodzi o zamianę wody w jedzenie, ale jednocześnie totalną katastrofą, która rozpętała niewyobrażalne zjawiska pogodowe mogące zagrozić światu. Dlatego też Flint zniszczył maszynę, a przynajmniej tak mu się wydawało. "Chociaż Flint prawie doprowadził świat do zagłady, zyskał sławę wielkiego wynalazcy, dzięki czemu jeden z jego idoli, Chester V, zaprosił go do współpracy. Wyobraźcie sobie połączenie Apple z Google i FAO Schwarz (legendarny sklep z zabawkami w Nowym Jorku), a otrzymacie Live Corp, firmę zarządzaną przez Chestera V," mówi jeden z producentów.
Sprawy jednak nie do końca mają się tak, jak przypuszczano. Chester, który ewakuował mieszkańców wyspy Swallow Falls zamierzając zwalczyć skutki jedzeniowej katastrofy, informuje Flinta, że jego replikator ciągle działa i produkuje hybrydy zwane jerzętami, które opanowały wyspę. Trzeba je jak najszybciej powstrzymać zanim zaatakują świat.
