„Nie lękajcie się!” - Woła głośno, z mocą i pasją nowy papież – Polak – podczas pierwszego spotkania z tłumem zgromadzonym na placu św. Piotra 22 października 1978 roku. Tak zaczyna się pontyfikat Jana Pawła II. I tak zaczyna się film.
Komunistyczne władze pierwsze dostrzegają niebezpieczeństwo, jakie dla nich stanowi nowy papież i pierwsze organizują obronę przed nim i ofensywę przeciwko niemu: planują infiltrację Watykanu, by go zdyskredytować i uniemożliwić mu przekroczenie żelaznej kurtyny.
Wojtyła podejmuje decyzję rozpoczęcia „nowej ewangelizacji” podróżą do Meksyku, gdzie mają spotkać się latynoamerykańscy biskupi. Rząd meksykański, laicki i przeniknięty przez masonerię, traktuje papieża jak zwyczajnego obywatela. I tak jak każdy obywatel składa on prośbę o wizę, żeby wjechać do tego kraju.
Podczas tej podróży świat odkrywa nowy, rewolucyjny sposób rozumienia pontyfikatu: wychodzącego do wszystkich, a zwłaszcza do cierpiących, przynoszącego świadectwo szacunku i miłości do człowieka, obronę jego wolności.
Ta podróż jest również dla papieża odkryciem trudnej i zaognionej rzeczywistości w Ameryce Łacińskiej, podzielonej między krwawymi dyktaturami i ruchami partyzanckimi, nierzadko gwałtownymi, o marksistowskich tendencjach. W środku, między nimi - Kościół. Symbolem tej sytuacji jest Oskar Romero, arcybiskup San Salvadoru, człowiek o nadzwyczajnej wrażliwości i duchowości. W nim odzwierciedla się całe niebezpieczeństwo i cierpienie tych, którzy na tej ziemi walczą o sprawiedliwość, miłość, odrzucenie nienawiści, złożenie broni i zaprzestanie terroru. I płaci za to śmiercią.
Jan Paweł II nie może zaakceptować świata podzielonego na dwie części, żyjącego w strachu przed bombą atomową, z Europą przeciętą żelazną kurtyną, bronioną przez czołgi.
Wojtyła pragnie powrócić do swoich korzeni, odwiedzić swój kraj i rozmawiać tam o porozumieniu, o pokoju, o wolności religijnej. Siłą swojej woli, wbrew różnego rodzaju naciskom, począwszy od sowieckich, wspomagany przez rozważny upór swojego sekretarza stanu Agostino Casarolego, Wojtyła przyjeżdża do Polski. Stąd, ze swojej ziemi wysyła w świat wielkie przesłanie „solidarności”, solidarności między ludźmi pracy, między tymi, którzy posiadają i tymi, którzy nic nie mają, miedzy rządzonymi i rządzącymi. Wielki niepokój w komunistycznych urzędach, jeśli to przesłanie rozprzestrzeni się w Polsce, przedostanie się także do innych krajów komunistycznych i nastąpi katastrofa.
W filmie nabiera wagi postać młodego polskiego księdza, Jerzego Popiełuszki, który na swój sposób realizuje wezwanie Karola Wojtyła do solidarności.
Nadchodzi moment próby zamordowania Papieża. Nic nie zdołało do tej chwili wstrzymać jego kroków w stronę „nowej ewangelizacji”, zmusić go do milczenia.
Przygotowanie zamachu, usiłowanie morderstwa, godziny, które następują, aż po chwile w sali operacyjnej, gdzie Papież ociera się o śmierć, są opowiedziane szczegółowo.
Już podczas rekonwalescencji Papież zajmuje się encykliką o pracy; jak tylko wraca do zdrowia, natychmiast planuje nowe podróże: do Nikaragui, do Salvadoru, gdzie uklęknie przy grobie Romera, do Indii, gdzie odwiedza leprozorium prowadzone przez Matkę Teresę z Kalkuty.
Matka Teresa jest dla papieża świadectwem miłości bez granic, zdolnej dotrzeć do każdego człowieka: oddania się cierpiącemu bez względu na kolor jego skóry, religię czy narodowość. Zobaczymy Matkę Teresę podróżującą do Libanu, dokąd Papieżowi nie pozwolono się udać, zobaczymy jak uzyskuje parę godzin zawieszenia broni, żeby uratować chore sieroty muzułmańskie, które pozostały bez jedzenia i wody, w pułapce między dwoma wrogimi wojskami.
Papież nadal wszelkimi sposobami podtrzymuje pokojową walkę Solidarności, pierwszego wolnego związku zawodowego w Polsce. I kiedy generał Jaruzelski wyprowadza na ulice Polski czołgi, aresztuje dysydentów, wprowadza stan wojenny, Papież stawia mu czoła, doprowadza do dialogu, wraca do swojego kraju, przemawia do tłumów. Z Polski wezbrana rzeka zdobytej wolności przelewa się na całą Europę wschodnią. Pada berliński mur. Zamyka się pewna epoka. Duch solidarności zwyciężył i Europa nie jest już podzielona.
Nadchodzą najtrudniejsze lata pontyfikatu Karola Wojtyły, zapowiedziane przez znaki choroby. Znaki, których on sam nie akceptuje, których nie chce widzieć. Jest zbyt zajęty swoją misją. „Nie ma pokoju bez sprawiedliwości!” - nadal woła w świecie, który – owszem – zmienił się, ale nie był w stanie wprowadzić idei solidarności, do których wzywał, ani rozpowszechnić woli pokoju, o czym marzył. Przeciwnie: konsumpcjonizm zdaje się zwyciężać, kapitalizm stwarza nową, gwałtowniejszą biedę. Ze wschodu nie nadchodzi oczekiwana przez niego odnowa duchowa. W różnych częściach świata rodzą się nowe, dramatyczne konflikty: wojna, przeciw której grzmi głos Wojtyły, który zdaje się być jedynym sędzią konfliktów światowych.
Papież powraca do swojego największego marzenia - połączenia wszystkich religii na jeden dzień wspólnej modlitwy o pokój. Dochodzi do spotkania w Asyżu, gdzie wszystkie religie świata wspólnie modlą się przeciwko wojnie.
Wojtyła wykonuje jeszcze jeden znaczący gest: udaje się do Gorèe, w Afryce, na Wyspę Niewolników. Klęka w miejscu, skąd zaczynał się handel niewolnikami i błaga o wybaczenie w imieniu wszystkich chrześcijan, którzy uczestniczyli, aktywnie czy biernie, w niewolnictwie, w tej wielkiej hańbie ludzkości.
W Afryce Wojtyła spotyka ojca Thomasa, biskupa Ugandy zajmującego się resocjalizacją dzieci wykorzystywanych w partyzantce. Postać księdza walczącego przeciwko przekształcaniu dzieci w narzędzia śmierci – jest emblematyczna w życiu Jana Pawła II.
Poznaje także Julię Ritter, kanadyjską lekarkę pracującą w szpitalu dla chorych na AIDS. Z wielkim poświęceniem zaangażowana jest na tym polu, ale co do palących tematów ich poglądy się różnią. Spotkają się, również w Rzymie, nie raz gwałtownie sprzeczając się na temat rozpowszechniania się AIDS, środków antykoncepcyjnych, aborcji, sytuacji kobiet.
Powróciwszy do Rzymu, Wojtyła poddaje się badaniom, które wykrywają raka jelit, z czasem ujawniają się pierwsze symptomy choroby Parkinsona. Prosi swojego lekarza, aby mu wyjaśnił chorobę, przygotował go do jej rozwoju. Perspektywa jest okrutna. Nic nie jest jednak w stanie powstrzymać go od wyjazdu do Sarajewa gdzie, w sercu Europy, miała miejsce straszna masakra. Potem jedzie do Paryża, gdzie wbrew wszelkim oczekiwaniom, miliony młodych ludzi przychodzą go słuchać, zachęca ich do odrzucenia idei przegranej, dodaje im odwagi w poszukiwaniu odpowiedzi na ich wielkie pytania, na ich marzenia.
Ostatnia część filmu opowiada osobistą drogę krzyżową papieża, który stawia czoło chorobie przekształcającej tego aktywnego i wysportowanego człowieka, który przemierzył cały świat, w istotę niezdolną do poruszania się. On, wielki mówca staje się człowiekiem dotkniętym afazją. Wojtyła podejmie odważną decyzję, niewyobrażalną dla papieża: ukazania swojej słabości i cierpienia bez wstydu, bez ukrywania, na znak wspólnoty w bólu z wszystkimi cierpiącymi z powodu chorób czy starości.
W 2000 roku - Jubileuszowym - Papież prosi o przebaczenie za błędy popełnione przez Kościół w ciągu całej jego historii, za zło wyrządzone przez chrześcijan, za grzechy wczorajsze i dzisiejsze.
Po modlitwie przy ścianie płaczu, zobaczymy go w Jordanii, przy zboczach góry Nego, w miejscu, gdzie Mojżesz, tuż przed śmiercią, zobaczył z dala Ziemię Obiecaną - ziemię, na której miały zapanować sprawiedliwość, szczęście oraz miłość. Zobaczył ją z dala i nigdy do niej nie dotarł.
11 września. Z wysiłkiem wydobywając głos i z trudem formułując słowa, ale z potężną mocą, Jan Paweł II jeszcze raz nawołuje Chrześcijan i Muzułmanów do pojednania, aby religie nigdy więcej nie dopuściły do zwycięstwa nienawiści i śmierci.
Podczas długiej i postępującej choroby bezustanna będzie pomoc i opieka sekretarza Stanisława, który towarzyszy Karolowi od czasu, kiedy był biskupem w Krakowie i siostry Tobiany, wiernej i energicznej asystentki.
Choroba nie daje mu odetchnąć. Lecz akceptowanie i nieukrywanie własnego cierpienia staje się jego siłą, jego ostatnim wielkim przesłaniem o odwadze, nadziei i miłości. Aż do ostatnich godzin jego życia, kiedy ci ludzie – głównie młodzież – do których całe życie podążał, nie zważając na zmęczenie i gasnące siły, powrócili do niego, aby towarzyszyć w jego ostatniej ziemskiej podróży.
