Prawdziwe nazwisko Werner H. Stipetic. Urodził się w Monachium 5 września 1942 roku. Wyrastał w odosobnionej górskiej wiosce w Bawarii i jako dziecko nigdy nie miał do czynienia z filmami, telewizją, ani telefonami. Gdy miał 14 lat, zaczął swe piesze wędrówki. Mając 17 lat odbył pierwszą rozmowę telefoniczną.
Aby wyprodukować swoje pierwsze filmy pracował na nocnej zmianie jako spawacz - pierwszy film zrobił w 1961 roku, mając 19 lat. Zanim do tego doszło, Herzog był stróżem na parkingu, komiwojażerem, jeźdźcem rodeo, a nawet skoczkiem narciarskim - od kariery odwiodła go jednak śmierć kolegi z drużyny. Nigdy nie skończył żadnej szkoły filmowej, do żadnej nie uczęszczał - był samoukiem. Już w 1964 r. zdobył nagrodę Carla Mayera za najlepszy scenariusz, na podstawie którego nakręcił w 1967 r. film pt. "Lebenszeichen" ("Sings of life"). Otrzymał nagrodę Bundesfilmpreis za najlepszy debiut.
Od tej pory wyprodukował, napisał i wyreżyserował ponad 50 filmów, wydał więcej niż tuzin książek i wyreżyserował równie wiele oper. Herzog występował także w kilku filmach, takich jak Zaka Penna "Incident at Loch Ness", Harmony Korine'a "Julien Donkey-Boy", Vincenta Warda "What dreams may come" i Paula Coxa "Man of flowers". Film Lesa Blanka "Burden of dreams" dokumentował powstawanie filmu Herzoga "Fitzcarraldo". Herzog wystąpił też w krótkometrażowym filmie Blanka "Werner Herzog eats his shoe" - zjedzenie buta przez reżysera było stawką w zakładzie z młodym amerykańskim producentem, Errolem Morrisem o to, iż ten nie skończy swego debiutanckiego filmu. Morris szczęśliwie film wyprodukował, Herzog zaś ugotował i zjadł swojego buta.
Herzog i jego filmy zyskały liczne nagrody, w tym Srebrnego Niedźwiedzia w Berlinie, Nagrodę Specjalną Jury w Cannes i kilkanaście niemieckich nagród filmowych. Otrzymał również nagrodę literacką Rausirer Literaturpreis za swój pamiętnik "Vom Gehen im Eis". Opisał w nim między innymi swą młodzieńczą podróż do Lotte Eiser. Eiser była jego ulubioną aktorką i gdy zachorowała, Herzog postanowił przejść na piechotę drogę z Monachium do Paryża (przemierzając trasę w linii prostej, z pomocą kompasu) wierząc, że to spowoduje, iż aktorka wyzdrowieje. Tak też się stało.
Bohaterami filmów Herzoga są najczęściej jednostki wyalienowane ze społeczeństwa, nadwrażliwe, w różny sposób nieprzeciętne. Wraz z nimi Herzog zapuszcza się w rubieże cywilizacji, eksploruje tereny dzikie i nieoswojone i tam szuka odpowiedzi na pytanie o istotę człowieczeństwa, pokazując swoich bohaterów w sytuacjach ekstremalnych. Wszystko to powoduje, że widzi się w Herzogu spadkobiercę niemieckiego romantyzmu - ze swym zamiłowaniem do mistycyzmu i skrajności, bezustannie drążącego temat szaleństwa i rzeczy ostatecznych, odwołującego się do skrajnych emocji.
W latach 90. reżyser poświęcił się głównie realizacji filmów dokumentalnych. Także za tę część swojej twórczości otrzymał w 2002 roku Smoka Smoków na Międzynarodowym Festiwalu Filmów Krótkometrażowych i Dokumentalnych. Nie odebrał go jednak osobiście, gdyż przemierzał wtedy na piechotę Tybet.
