Wielkim wyzwaniem było naturalne oddanie wyglądu oceanu i rafy koralowej. „Spytajcie każdego filmowca, co jest najtrudniejsze do sfilmowania. Odpowie: woda, zwłaszcza morska. Wiąże się to zwłaszcza z trudnością oddania zmienności refleksów świetlnych” – mówił reżyser. I znowu filmowcy studiowali uważnie filmy „nawodne” i „podwodne”, ze szczególnym uwzględnieniem dzieł Jeana Jacquesa Cousteau, niezrównanego badacza morskich głębin, a także dokumenty zrealizowane w cyklach „National Geographic” i „Błękitna planeta”. Sięgnięto także do klasycznych fabuł, takich jak „Szczęki”, „Głębia”, czy „Sztorm stulecia”. Twórcy „Gdzie jest Nemo” zauważyli, że w przypadku fabuł obrazy oceanu zmierzały ku efektownemu uproszczeniu, a nawet karykaturze. Wiązało się to z ograniczeniami technicznymi, ale i z przyzwyczajeniami widowni. Stanton nie chciał ich lekceważyć, ale podobnie jak i w przypadku rybich bohaterów, dążył do swoiście pojętego realizmu.
Na największe odstępstwa pozwolono sobie w obrazie rafy koralowej. Przez ponad rok studiowano jej wygląd, ale ostatecznie zdecydowano się na śmiałą stylizację. Początkowo przypomina ona pełen barw zakątek, jak ze snu. W miarę rozwoju akcji staje się mniej barwna i efektowna, zbliżona do realistycznego obrazu, co wiąże się z przemianami zachodzącymi u bohaterów.
