Choć same walki były chaotyczne, filmowcy potrzebowali jednak koordynacji działań, by móc nakręcić bezpiecznie sceny bitewne. Na podstawie rozrysowanych historii realizatorom i aktorom udało się odtworzyć wiele spośród kluczowych walk powietrznych. "Sceny mają swoją choreografię, zgrano pracę kamer w powietrzu z ruchami pilotów w kolejnych sekwencjach", mówi koordynator ekipy powietrznej, Hanna. "Każdego dnia modyfikowaliśmy plany rysunkowe i adaptowaliśmy je do konkretnych warunków i miejsca."
Sześciu spośród najwybitniejszych pilotów akrobatycznych świata pracowało z aktorami, by odtworzyć sceny lotów. Dzięki kamerom umieszczonym w helikopterach i zamontowanym w samolotach, reżyser i operator starali się wprowadzić widzów w sam środek tej niesamowitej, rozgrywającej się w chmurach akcji.
"Nakręciliśmy mnóstwo scen bitewnych z udziałem prawdziwych samolotów, do których dodaliśmy materiał zdjęciowy zawierający prawdziwe wybuchy i pożary. Nigdy wcześnie nie widzieliśmy tego w kinie, ponieważ byłoby to fizycznie niemożliwe bez narażenia życia pilotów albo ryzyka kolizji", mówi Devlin. "Żaden z filmów o I Wojnie nigdy nie pokazywał w ten sposób pożarów, a przecież to była istota walki w powietrzu. Jeden z dzienników z czasów wojny opisywał niebo podczas walki myśliwców jako sieć pająka w płomieniach. Chcieliśmy pokazać to w filmie. Ale nie można tego po prostu zrobić używając prawdziwej broni i prawdziwych pocisków. I w tym miejscu wkracza technologia CGI."
Twórca efektów specjalnych, Mark Franco mówi: "Zaczynaliśmy ten film z planem, na którym najpierw rozrysowaliśmy poszczególne sekwencje powietrznej bitwy na tradycyjnych boardach. A potem przenieśliśmy ich zawartość do obrazów wygenerowanych komputerowo w technologii 3D. Na podstawie tak przygotowanych modeli mogliśmy stworzyć samoloty, które miały zostać zestrzelone w bitwach. Te zdjęcia nakręciliśmy w studiu w taki sposób, jakby wszystko działo się w plenerze. A w rzeczywistości w całości powstały w komputerze."
Stanowiło to prawdziwe wyzwanie dla Double Negative, zespołu zajmującego się efektami specjalnymi, wynajętego do opracowania materiałów technologii CGI do filmu Flyboys. Dlatego człówka filmu przypomina te widziane przy produkcjach takich jak Batman - Początek czy Harry Potter i Czara Ognia.
By uczynić obraz bardziej realistycznym, każdą z replik samolotu zbudowano - kawałek po kawałku - najpierw w komputerze, a potem dopiero zamieniono na model w rzeczywistym rozmiarze. Następnie maszyny zostały powleczone materiałem i pomalowane z zachowaniem najdrobniejszych szczegółów, włączajac w to najdrobniejsze nawet rysy i zabrudzenia. Każdy samolot miał takielunek i stery, które działały dokładnie tak samo, jak działo by się to w prawdziwych samolotach podczas rozmaitych manewrów. Ruchy rzeczywistych samolotów i modeli zostały następnie połączone komputerowo przy pomocy najnowszych programów animacyjnych. Takie odtworzenie ruchu w powietrzu okazało się doskonałą repliką autentycznego lotu.
