W nie tak dalekiej przyszłości Ziemia zostaje napadnięta przez Obcych. Największe miasta zostają zniszczone, populacja jest zdziesiątkowana, Obcy przejmują władzę nad planetą. Ci, którzy przeżyli, muszą znaleźć sposób na przetrwanie i odzyskanie Ziemi.
Dwójka bohaterów, Aki Ross i jej mentor, Dr Sid, opracowują plan, którego zrealizowanie dla wielu wydawałby się możliwe tylko z pomocą całej armii. Sid planuje kontratak na bazę Obcych. Bohaterowie wierzą, że każda forma życia posiada duszę, która może zostać ukazana i opanowana. Zorientowali się, że obcy najeźdźcy karmią się duszami zmarłych. Aki i Dr Sid zbierają żywe organizmy, których naznaczone dusze mają stać się przeciwieństwem dusz znajdujących się w bazie obcych. Dusze, w efekcie, wzajemnie się neutralizują, rozbrajając obcych. Po znalezieniu sześciu z ośmiu niezbędnych do stworzenia ‘fali’ dusz, zdesperowani ludzie muszą znaleźć dwie brakujące, zanim ich czas się skończy.
Czas Aki jest ograniczony. Została zarażona siłą Obcych. U ludzi kończy się to śmiercią, ale Aki udało się przetrwać dzięki surowej procedurze zamknięcia w sobie. Jej stan pozwala komunikować się z Obcymi poprzez sny, które przenoszą ją w czasie, na domową planetę przybyszów. Zaczyna rozumieć ich naturę i ogrom katastrofy, jaka może spotkać ziemię. Na razie, kiedy ma w sobie Obcego, jej przyszłość rysuje się fatalnie, chyba że uda się szybko ukończyć falę dusz. Inaczej Aki czeka niechybny koniec. W walce wspomaga ją bardzo zdolny Kapitan Gray Edwards i jego elitarna banda renegatów, znana jako The Deep Eyes. Ten świetnie przeszkolony i oddany oddział nie zraża się tym, że szanse na powodzenie są tak nikłe. Podróżują przez ściśle strzeżone nieużytki, zagarnięte przez obcych. Droga prowadzi do samego serca inwazji Obcych – do miejsca, w które uderzył meteoryt, na którym Obcy przybyli na ziemię.
W międzyczasie strateg militarny, Generał Hein proponuje użycie Zeus Cannon, masowej, niszczącej kosmicznej broni. Ma zamiar zbombardować planetę bio-eteryczną silą energii. Na małą skalę, broń tego typu ma zapobiec dalszemu panowaniu Obcych. Dr. Sid i Aki są przeciwni metodzie Heina. Boją się nieznanych skutków ubocznych, uważają też, ze nie można zakładać, że broń da maksimum efektu. Dr. Sid boi się nawet, że może to dać początek nowym generacjom Obcych. Zwołują radę, próbując wybrać najlepszą opcję i bronić interesów populacji, która przetrwała. Oczekujący szybkich rezultatów i spragniony zemsty Hein, którego rodzina zginęła podczas ataku kosmitów, manipuluje swoimi siłami, sabotuje działania Aki i lekkomyślnie zagraża planecie. Ostateczna konfrontacji Aki z kosmitami przynosi wspaniałe efekty. Aki znajduje sposób na uwolnienie ‘fali’, odkrywając prawdziwą naturę Obcych. Walcząc zarówno z Obcym w sobie, jak i z generałem Heinem, który, wydając rozkaz ratowania Ziemi, zniszczyłby ją, Aki odważnie dąży do realizacji swojej ostatecznej fantazji.
