Mając gotowy scenariusz I obsadę producenci przenieśli się do studia filmowego w Vancouver, które stało się ich kwaterą główną. Do ekipy wróciło wielu realizatorów, którzy pracowali w Vancouver nad pierwszą "Fantastyczną Czwórką" oraz filmami z serii "X-Men".
W tym samym czasie druga ekipa wyruszyła w podróż dookoła świata, by sfilmować wiele obiektów, mający posłużyć za tło scen rozgrywających się w Londynie, Nowym Jorku czy Szanghaju.
Asystent reżysera i koproducent Lee Celary, pracujący także nad wszystkimi "X-Menami" i pierwszą "Fantastyczną Czwórką" tak przedstawia przygotowania do realizacji: "Najważniejszy jest wybór miejsc do zdjęć - mówi. - Akcja tego filmu toczy się na kilku kontynentach - między innymi w Nowym Jorku, Szanghaju, Tokio i Londynie. Ale kiedy film ma powstawać w Vancouver, poszukiwania właściwych plenerów muszą być szczególnie intensywne".
Wnętrza Baxter Building ponownie sfilmowano w Marine Building w Vancouver - jednym z najciekawszych światowych przykładów architektury stylu art deco, znajdującym się w centrum finansowej części miasta.
Na dachu Metro Parkade, siedmiopoziomowego parkingu w Vancouver, nakręcono scenę długo oczekiwanego "ślubu stulecia", który zakłóciło pojawienie się Srebrnego Surfera. Pogoń Johnny'ego za Surferem jest jedną z najbardziej zapadających w pamięć sekwencji filmu.
Na tydzień ekipa przeniosła się do Lower Seymour Conservation Reserve w północnym Vancouver, gdzie kręcono sceny przeszukiwania przez Fantastyczną Czwórkę przy użyciu sensorów Reeda Czarnego Lasu w nadziei na spotkanie ze Srebrnym Surferem. Położony na 6 tys. hektarów rezerwat kryje wspaniałe i różnorodne krajobrazy łącznie z wysokogórskimi łąkami, zalesionymi stokami i rozlewiskami rzek, co dało twórcom FANTASTYCZNEJ CZWÓRKI: NARODZIN SREBRNEGO SURFERA okazję do stworzenia niezwykle dynamicznego wizerunku Czarnego Lasu.
Dodatkowe ujęcia zrealizowano w pobliskim Mammoth Studios na przedmieściach Barnaby, gdzie wykorzystano sprzęt zgromadzony wcześniej na potrzeby pierwszej "Fantastycznej Czwórki" oraz filmów "X-Men 2" i "X-Men: Ostatni bastion".
W Mammoth Studios, którego nazwa właściwie określa wielkość hal zdjęciowych, scenograf Kirk Petrucelli wraz z zespołem wybudował nowoczesne laboratorium Reeda Richardsa jak też wnętrze polarnej bazy wojskowej, gdzie przetrzymywany jest Srebrny Surfer.
Laboratorium Reeda wybudowano na powierzchni niemal 600 m kwadratowych, przewidując rozliczne jego działy, jak oddział sensorów, nauk o życiu, astronautyki, informatyki czy budowy Fantasicaru, nie mówiąc o okrągłym pokoju kontrolnym wyposażonym w ciekłokrystaliczny ekran o wymiarach 15x4 metry.
Drugi zespół FANTASTYCZNEJ CZWÓRKI: NARODZIN SREBRNEGO SURFERA pracował ponad 40 dni zdjęciowych, głównie na tle green boxu. Od jego pracy zależało, na ile efektowne będą sekwencje pogodni Johnny'ego Storma za Srebrnym Surferem. W ujęciach tych wykorzystano materiały nakręcone w różnych miejscach świata - od pomników w Waszyngtonie po widoki Nowego Jorku, Londynu i Chin.
W ciągu dwóch lat od ostatniego występu Stwora na ekranie w "Fantastycznej Czwórce", studio efektów specjalnych Spectral Motion Inc. Mike'a Elizalde'a znacznie poprawiło wygląd I technologię kostiumu Stwora dla Michaela Chiklisa.
Zdaniem charakteryzatora Bart Mixona, który współpracował z Chiklisem przy pierwszym filmie, codzienny proces przygotowywania aktora grającego Stwora do wyjścia na plan skrócił się do 90 minut w porównaniu z poprzednim filmem. Zgodnie z życzeniem wielbicieli Fantastycznej Czwórki nowa głowa Stwora ma większe czoło, zaś cały kostium bardziej wskazuje na skalny pochodzenie tej postaci.
