Na pustyni niedaleko granicy amerykańsko-meksykańskiej patrol policji amerykańskiej zatrzymuje nielegalny transport emigrantów. Wkrótce na miejscu zjawiają się dwaj mężczyźni w czarnych garniturach, którzy podają się za agentów specjalnych. Wybierają jednego z emigrantów, którego prowadzą w ustronne miejsce. Meksykanin okazuje się... zamaskowanym przybyszem z kosmosu, który korzystając z nieuwagi starszego z agentów - D, próbuje uciec. Unieszkodliwia go drugi z agentów, K, który specjalnym przyrządem, emitującym silny błysk, wymazuje pamięć policjantom sugerując im przy tym własną wersję wydarzeń...
Jak się okazuje K i D nie są agentami FBI, ale członkami ściśle tajnej organizacji rządowej, Facetów w czerni, zajmującej się monitorowaniem przybyłych na Ziemię przybyszy z kosmosu...
Po incydencie na granicy K zdaje sobie sprawę, że D powinien odejść na emeryturę. Zaczyna szukać nowego partnera, a jego wybór pada na czarnoskórego policjanta Jamesa Edwardsa. Edwards jest całkowitym przeciwieństwem skupionego i opanowanego K: uwielbia ryzyko i niełatwo poddaje się rozkazom przełożonych. Ma jednak wielką zaletę: właśnie zakończył obławę na przestępcę, który okazał się kosmitą i zginął na jego oczach po wyczerpującym pościgu...
James zgadza się wziąć udział w egzaminie, podczas którego dzięki inwencji i odrobinie bezczelności pokonuje konkurentów. Nie chce jednak wstąpić do organizacji, której działania okryte są tajemnicą. Zgadza się dopiero wtedy, gdy K pokazuje mu wnętrza sztabu i pracujących w nim niesamowitych przybyszów z kosmosu...
James musi poddać się surowemu regulaminowi. Ma zachować pełną anonimowość, nie wolno mu utrzymywać konwencjonalnych kontaktów międzyludzkich, mieć żony ani rodziny. Wszystkie dane na jego temat zostają wymazane z pamięci komputerów, odtąd znany będzie tylko jako agent J... Jedynym obowiązującym strojem stanie się dla niego czarny garnitur, do którego dodatkiem jest para czarnych okularów oraz przyrząd, który wymazuje pamięć niewygodnym świadkom. Faceci w czerni mają ponadto do dyspozycji niezwykły samochód oraz super nowoczesną broń, którą częściowo przejęto od kosmitów. Zdumiony J przekonuje się, że w Nowym Jorku żyją dziesiątki przybyszów z innych planet dla niepoznaki przebranych za zwykłych ludzi i prowadzących normalny tryb życia. Część z nich współpracuje z Facetami w czerni.
W tym samym czasie gdzieś na amerykańskiej prowincji ląduje statek z kosmosu. Jeden z przybyszy ukrywa się w ciele miejscowego farmera Edgara, który zaczyna ulegać niezwykłym transformacjom. Edgar opuszcza przerażoną żonę Beatrice, i wyrusza do Nowego Jorku, gdzie sieje popłoch w środowisku obcych. Celem rasy, której przedstawiciela nosi w sobie, jest przejęcie władzy nad światem. Faceci w czerni mieć więc będą pełne ręce roboty...
