Pomysł zrobienia filmu o wspaniałym hiszpańskim malarzu Francisco Goi i hiszpańskiej Inkwizycji, po raz pierwszy przyszedł Formanowi do głowy 50 lat temu, kiedy był studentem w komunistycznej Czechosłowacji. "Przeczytałem książkę o hiszpańskiej Inkwizycji, w której opisywano przypadek fałszywego oskarżenia. Pomyślałem, że mogłoby to być osią świetnej historii. Widziałem wiele paralel między reżimem komunistycznym i Świętą Inkwizycją, i rozumiałem też, że te podobieństwa są zbyt oczywiste, by film taki mógł w Czechosłowacji powstać. Na jakiś czas zrezygnowałem z tego pomysłu" - wspomina Milos Forman.
Idea odrodziła się 30 lat później w Madrycie, gdzie Forman i Zaentz promowali "Amadeusza". "Staliśmy przed muzeum Prado, kiedy Milos wspomniał, że nigdy nie widział słynnego obrazu Boscha: "Ogród ziemskich rozkoszy". Przy okazji obejrzeliśmy mieszczącą się tam największą kolekcję dzieł Goi" - wspomina Zaentz. Podczas wizyty w Prado, Forman napomknął o pomyśle połączenia wątku Goi z Inkwizycją, a Zaentz błyskawicznie zrozumiał, że to doskonała idea.
Reżyser postanowił, że scenariusz napisze Jean-Claude Carriere, "bratnia dusza" i przyjaciel Formana, który pracował z Bunuelem ("Dziennik panny służącej", "Piękność dnia", "Dyskretny urok burżuazji", "Mroczny przedmiot pożądania"), Louisem Malle ("Viva Maria") i samym Formanem ("Odlot", "Valmont"). "To bardzo interesujący okres. Przełom XVIII i XIX wieku jest jednym z najważniejszych etapów w historii Europy, z powodu Rewolucji Francuskiej i Napoleona. Francja stanowiła w owym czasie centrum Europy i wpływała na inne kraje, między innymi na Hiszpanię, czego ukoronowaniem była okupacja Hiszpanii przez Napoleona. Z drugiej strony, Hiszpania w XVIII w. była najbardziej zacofanym krajem zachodniej Europy. Katolicka, konserwatywna, rządzona przez króla, wywodzącego się z tego samego rodu, co król Francji. Dzieła filozofów Oświecenia praktycznie nie były tu znane. Inkwizycja była w rozkwicie, i skutecznie zadawała ciosy swym przeciwnikom." - tłumaczy Carriere.
"To, co fascynowało mnie w tym konkretnym okresie historii, to wszechobecne paradoksy i ciągłe zmiany, które przypominały mi czasy, w których ja żyłem: najpierw demokrację, potem okupację, komunizm, moment demokracji i ponowny nawrót komunizmu. Sytuacja w Hiszpanii na początku XIX w. była bardzo podobna. Król Karol reprezentował starą gwardię, kiedy pojawił się Napoleon, którego armia niosła postęp, ideały i wartości Francuskiej Rewolucji. Czyż nie przypomina to armii sowieckiej, niosącej "wolność" dla Czechosłowacji? Zamiast prawdziwego wyzwolenia Hiszpanii, Napoleon posadził na tronie swojego brata, który rządził Hiszpanią do przybycia Brytyjczyków, którzy przywrócili hiszpańską monarchię" - opisuje Forman.
"Nie sądzę, żeby Goya świadomie angażował się w politykę. Był tylko nadzwyczajnym obserwatorem, reporterem. Komentował i rejestrował to, czego był świadkiem - kontynuuje Carriere. Goya malował królów i królowe Hiszpanii, ich dzieci, całe rodziny, członków dworu królewskiego. Był stałym bywalcem na dworze. Równocześnie jednak doskonale znał zwyczajne życie. Chodził po ulicach, zaglądał do karczm, a swoje obserwacje uwieczniał w szkicach i rycinach. Niektóre z nich, takie jak "Kaprysy" czy "Okropności wojny" stały się słynną wizytówką artysty. Portretował zarówno Wielkiego Inkwizytora, jak i osadzonego na tronie hiszpańskim brata Napoleona, czy później księcia Wellingtona, który przegnał Francuzów, ale też zwykłych obywateli i żołnierzy. Rozumiał duszę każdego człowieka".
W scenariuszu Carriere postanowił stworzyć przeciwwagę dla postaci Goi: "Uznałem, że byłoby to interesujące, żeby postaci Goi przeciwstawić innego bohatera, który byłby znajomym malarza. Byłby on przeciwieństwem Goi jeśli chodzi o temperament i filozofię życiową, inteligentnym człowiekiem, który chce zmieniać świat i jest bardzo zaangażowany w polityczne zmiany w tamtym czasie. Ten człowiek, ojciec Lorenzo stał się głównym bohaterem filmu. Członek Inkwizycji, który fanatycznie wierzył w możliwość zbudowania nowego, lepszego świata w oparciu o nauczanie Jezusa. Był przekonany, że upadek Hiszpanii spowodowany jest tym, że Inkwizycja straciła swój pazur w obronie tego nauczania. Chce odrodzić potęgę Inkwizycji, odbudować jej wcześniejszą siłę i wpływy. Niedługo później poznaje nowe idee rozprzestrzeniające się z ogarniętej rewolucją Francji, które zaprzeczają religijnym doktrynom, ponieważ czynią z człowieka kreatora swego losu i przeznaczenia, a naczelną staje się idea wolności, równości i braterstwa".
Trzecią wiodącą postacią jest Ines Bilbatua, kobieta będąca znajomą obu mężczyzn. Poznajemy ją jako piękną nastoletnią muzę Goi, ale po uwięzieniu jej przez Inkwizycję, ojciec Lorenzo staje się jej jedyną nadzieją na uwolnienie z lochów Świętego Oficjum. Lorenzo skwapliwie wykorzystuje całkowitą bezradność zakutej w łańcuchy dziewczyny. Według Carriere: " Ines pochodzi z zamożnej i znanej rodziny. Ojciec jest bogatym kupcem, wszyscy są dobrymi chrześcijanami. Jednak pewnej nocy, szpiedzy Inkwizycji podpatrują ją w karczmie i uznają, że unikając wieprzowiny Ines daje dowód potajemnego wyznawania judaizmu. Jest to wystarczającym powodem do wezwania dziewczyny przed oblicze trybunału inkwizycji, poddania torturom i skazania jej na lata więzienia".
