Przy końcowym ustalaniu szczegółów dekoracji Magnus, Sekuła, Barbarash i kierownik artystyczny John Goulding współpracowali wraz z zespołem specjalistów od efektów specjalnych z firmy Mr. X, Inc. W związku z tym, że cała dekoracja musiała być cyfrowo przetworzona, przy projektowaniu scenografii musiały zostać przemyślane wszystkie kwestie przyszłych efektów, które miały powstać po zakończeniu zdjęć. „Po raz pierwszy projektowałam fizycznie nie tylko dekorację, ale także to, co dopiero miało zostać wygenerowane komputerowo i następnie wcielone do filmu” - wyjaśnia Diana Magnus.
Dla Mr. X Inc. to również było wyzwanie. Należało przewidzieć ruchy aktorów, które następnie łączono na komputerze z wirtualnymi efektami zjawisk, które w normalnym świecie zdarzyć się nie mogą. Techniki te zostały użyte m. in. w celu stworzenia znakomitych efektów migotania i zmiany faktury wnętrza sześcianu czy poruszania się bohaterów w czasie, który dla każdego upływał z inną prędkością.
Także podczas realizacji zdjęć, gdy aktorzy znajdowali się już wewnątrz sześcianu, ekipa Mr. X Inc. pracowała na bieżąco nad stworzeniem efektów komputerowych, które były integralną częścią filmu. Aaron Weintraub, szef ekipy od efektów specjalnych, przez cały okres produkcji z zespołem programistów, artystów, animatorów pracował w centrali Mr. X Inc. To umożliwiło Sekule i Barbarash’owi koordynację misternie zaplanowanych efektów komputerowych ze skomplikowanymi zdjęciami i pozwoliło na kreatywne eksperymentowanie zarówno ze strony reżysera jak też otwartej na jego pomysły ekipy.
Ostatecznie zastosowano w filmie ponad 150 efekty specjalne składające się z najbardziej skomplikowanych, komputerowo generowanych przedstawień. W dowolnym momencie Cube 2 publiczność ogląda cyfrowe i fizyczne kreacje bez odczucia jakiejkolwiek różnicy. Wszystko, by uzyskać wrażenie spójności zjawisk w zupełnie nowej, fantastycznej filmowej rzeczywistości.
Reżyser chciał, aby ze względu na charakter scenografii, każdy efekt specjalny w filmie, nie ważne jak skomplikowany, był oparty na strukturze sześcianu. Unaocznił to najlepiej w przedstawieniu przerażającej, zabójczej maszyny będącej wirującym sześcianem o tnących ostrzach. „Początkowa interpretacja tej zabójczej maszyny była bardzo rozbieżna” - komentuje Sekuła. „Nalegałem, by nawiązywała kształtem do kwadratu. Zbudowaliśmy nasz własny świat, nasz sześcian z bardzo precyzyjnym zbiorem reguł. Mimo tego, że w filmie podważamy naukowe prawa fizyki, to wciąż chciałem by widz miał wrażenie przeniesienia się w nieznany, szokujący system, konsekwentnie zbudowany świat. Dlatego wirujący sześcian z ostrzy był zbudowany z doskonałych linii i kątów. Wszystkie ostre, obracające się w obrębie linii sześcianu, stały się okropnym obracającym się przyrządem.”
