Zdjęcia do "Córki kapitana" kręcono od lutego do grudnia 1998 roku. Sceny zimowe powstawały na moskiewskim Kremlu (w tym kluczowa scena, gdy Pugaczow zostaje w klatce przywieziony do pałacu) i w okolicach. W studio Lenfilm przygotowano oryginalną, zgodną z historycznymi szczegółami scenografię, w tym najbardziej godne zapamiętania machiny do serwowania dań na carski stół. Scenografowie zbudowali niedaleko Orenburga prawdziwych rozmiarów fortecę Bielogorskiego, która miała okazję dwukrotnie gościć ekipę filmową - zimą i późną jesienią.
W 1998 roku wybuchł w Rosji kryzys finansowy, który dotknął także przemysł filmowy - państwowe dotacje zostały wstrzymane na sześć miesięcy. Sceny jesienne "Córki kapitana" kręcono w listopadzie, przy temperaturze minus 20 stopni. Ostatni etap zdjęć był szczególnie trudny ze względu na ostre mrozy i zimne stepowe wiatry, które nawiedziły Orenburg.
Wladimir Moszkow (Pugaczow) zauważył, że film kręcono w warunkach zbliżonych do rzeczywistych. Na przykład w scenie szturmu na fortecę udział wzięło około 1500 jeźdźców, ale ucharakteryzowanie wszystkich statystów zajęłoby wiele dni. Dlatego też wszyscy okoliczni mężczyźni, którzy chcieli wziąć udział w scenach szturmu, zapuszczali brody, gdyż statysta z brodą dostawał o 15 rubli więcej za dzień zdjęciowy niż statysta ogolony. W filmie wykorzystano wiele scen zbiorowych. Jedna z największych to scena egzekucji buntowników.
Dla potrzeb filmu wykonano ponad 2000 kostiumów, w tym wiele dodatków, takich jak dekoracje głowy, rękawiczki i inne. Wszystkie powstały przy niezwykłej dbałości o zgodność z prawdą historyczną. Autentyczność strojów może nawet czasem zdziwić publiczność. Na przykład huzarzy ubrani są w mundury z osiemnastego wieku, co jest zgodne z prawdą historyczną, ale niezgodne z powszechnym mniemaniem o tym, jak te mundury powinny wyglądać, ponieważ kojarzone są one (dzięki filmom) z wyglądem mundurów z nieco późniejszego okresu. Scenografia i kostiumy z "Córki kapitana" stały się już obiektami muzealnymi. Forteca Bielogorskiego, zbudowana specjalnie do celów filmowych (autentyczne wymiary, z domami i kościołem w obrębie murów), została przekształcona w Muzeum Etnograficzne i Krajobrazowe Kazaków z Orenburga. Najciekawsze kostiumy zostały zaprezentowane na wystawie "Honorowy Obywatel Teatru", która miała miejsce w Muzeum Sztuk Pięknych im. Puszkina na jesieni 1999 roku.
Oryginalny budżet filmu wyniósł około 7 milionów dolarów, które z powodu dewaluacji rubla dziś warte są cztery miliony.
