Kraków 1942 r. Rodzicom 11-letniego Romka (nominowany do Oskara za rolę w “Szóstym zmyśle” Haley Joel Osment) udaje się przemycić go z getta na wieś do domu polskiej rodziny. Przyjeżdża po niego Gniecio (Olaf Lubaszenko), który mimo obaw żony (Małgorzata Foremniak) zabiera chłopca do swojego domu. Nie wszyscy mieszkańcy wioski wierzą, że Romek jest bliskim krewnym ich sąsiadów. Chłopiec musi ukrywać swoją tożsamość i podawać się za katolika. Gniecio ma dwóch synów. Romek zaprzyjaźnia się z młodszym dzieckiem swoich opiekunów Tolem (Liam Hess), niezwykłym chłopcem, który z całych sił pragnie własnym cierpieniem zbawić świat. Poznaje także pozostałe dzieci tej górskiej wioski: Marysię, Pyrę i Robala.
Charyzmatyczną postacią we wsi jest ksiądz (nominowany do Oskara za rolę w “Plutonie” Willem Dafoe). Uczy on Romka religii katolickiej z poszanowaniem żydowskiego dziedzictwa, o którym chłopiec musi na razie zapomnieć, by przeżyć. Przygotowuje wszystkie dzieci do przyjęcia Pierwszej Komunii Świętej. Uświadamia im powagę tego wydarzenia i prosi by do komunii przygotowali się solennie i przystąpili do mszy bez grzechów. Z inspiracji księdza, dzieci zaczynają odgrywać sceny z Biblii. Tolo chce być Jezusem. Inne dzieci mają się wcielić w apostołów, odgrywaja chrzest, cuda czynione przez Jezusa, jego mękę i ukrzyżowanie. W trakcie jednej z lekcji religii ksiądz biegnie na ratunek starszemu małżeństwu, któremu grozi śmierć za ukrywanie świń. Oficer niemiecki daje księdzu szansę na ich uratowanie: jedna złapana świnia za jedno życie. Niemcy poniżają księdza na oczach dzieci i zabijają Batylinów.
Tymczasem Gniecio postanawia sprzedać świnię, którą ukrywa w piwnicy. Razem z Klubą (Andrzej Grabowski) jadą do miasta. Kluba wraca z martwym Gnieciem, mówiąc, że zastrzelili go Niemcy. Księdzu wersja ta wydaje się mało prawdopodobna. Tolo bardzo przeżywa śmierć ojca – jeszcze bardziej chce być Jezusem. Zaczyna chorować. Matka winą obarcza Romka, który ucieka do Marysi. Jednak za namową Władka wraca. Tolo go potrzebuje. Romek dowiaduje się o pociągach z transportami Żydów do obozów śmierci. Następnego dnia idzie przerażony do księdza, który potwierdza obawy chłopca, że rodzice mogą nie wrócić. Jest świadkiem rozmowy księdza z Klubą, który przyznaje się do zamordowania Gniecia. Ksiądz rozmawia z nim także o przyjęciu komunii świętej, co jest niezgodne z wiarą Romka. Ksiądz uspokaja go, mówiąc, że poda mu nie święcone “skrawki boże”, pozostałe z wycinania opłatków.
Tymczasem Robal i Pyra, synowie Kluby, napadają na Marysię, gwałcą ją i próbują utopić Romka. Władek pragnie się zemścić za śmierć ojca. Razem z Romkiem idzie nocą do lasu, gdzie Robal okrada i morduje zbiegłych z transportu Żydów. Władek strzela i zabija Robala. W tym momencie do lasu wkraczają Niemcy, którzy widząc Romka z bronią w ręku, biorą go za swojego sprzymierzeńca - dziecko okradające Żydów. Romek ratuje Władka, którego Niemcy wzięli za Żyda. Niestety nie udaje im się uratować Tola, który zaprzecza jakoby znał chłopców i pozwala się Niemcom zamknąć w pociągu do obozu zagłady. Dzieci przystępują do komunii świętej. Każde z nich ma jednak coś na sumieniu. Nie są już niewinne i bez grzechu. Romek przyjmuje “boże skrawki”.
