Za efekty dźwiękowe odpowiedzialny był siedmiokrotny laureat Oscara Gary Rydstrom, który współpracował ze studiem Disneya przy czterech wcześniejszych filmach - "Toy Story 1,2", "Herkulesie" i "Dawno temu w trawie".
Gary Rydstrom mówi: Praca nad filmem animowanym to dla dźwiękowca prawdziwe wyzwanie. Musi wykreować każdy najdrobniejszy dźwięk, bo w przeciwnym razie film wyda się nieprzekonywający. Dźwięk pozwala stworzyć odpowiedni nastrój i przydaje filmowi rozmachu, a "Atlantydę: zaginiony ląd" zrealizowano z ogromnym rozmachem. To film animowany niepodobny do innych, bo nakręcono go w konwencji filmu aktorskiego. Zależało nam zwłaszcza na zachowaniu równowagi między dźwiękami "industrialnymi" - charakterystycznymi dla okresu, w którym toczy się akcja - a bardziej "eterycznymi", które kojarzą się z zaginionym lądem Atlantydy. Przykładem mogą być dźwięki, które towarzyszą pojawianiu się Lewiatana, mechanicznego strażnika, który pilnuje wejścia do Atlantydy. Lewiatan ma cechy organicznej, żywej istoty, ale poruszając się hałasuje niczym stary gruchot.
Na potrzeby filmowej Atlantydy Rydstrom stworzył dźwięki, które nasuwają skojarzenia z tropikalną dżunglą, uzupełniając je o szum wodospadu i pary wydobywającej się z krateru czynnego wulkanu oraz odgłosy zwierząt. Jak mówi: Zdarzało się, że wykorzystywaliśmy odgłosy prawdziwych zwierząt puszczając w zwolnionym tempie nagrania kumkania żab i krzyków małp. Inne odgłosy "wygrywaliśmy" na gwizdkach niczym melodyjki. Lawa to rodzaj "musującego" błota, towarzyszące jej efekty dźwiękowe uzyskaliśmy więc pompując w błoto sprężone powietrze. Dało to efekt kipienia i bulgotania, na którym tak nam zależało.
Wiele uwagi poświęcono dźwiękom wydawanym przez oglądane w filmie pojazdy i maszyny. Gary Rydstrom mówi: Wszystkie urządzenia i pojazdy, które oglądamy w filmie pochodzą z roku 1914, spędziliśmy więc sporo czasu markując dźwięki wydawane przez stare maszyny. Wielka łódź podwodna ma mechaniczne serce, a jego pracy towarzyszą dźwięki tłoków. Uzyskaliśmy go nakładając na siebie dwa odgłosy: bicia serca i pobrzękiwania stali. Wybraliśmy się nawet na zlot miłośników starych samochodów, gdzie nagraliśmy dźwięki wydawane przez stare silniki dwucylindrowe. Przydały one naszemu filmowi koniecznego realizmu.
Rydstromowi zależało, by filmową Atlantydę otaczała eteryczna aura, poprosił więc lingwistę Marca Orkanda o napisanie kilku pieśni chóralnych, które posłużyły jako tło do scen rozgrywających się w kryształowej komnacie. Dźwięk wydawany przez same kryształy uzyskano przez pocieranie krawędzi szklanych kielichów.
Z całego filmu najbardziej lubię latające kamienne ryby - mówi Gary Rydstrom. - Mają one w sobie coś z prymitywnych statków kosmicznych. Sporo się namęczyłem, by stworzyć dla nich odpowiednie dźwięki, bo nasze ryby nie miały części ruchomych. Pomyślałem o odgłosie, który słyszymy stojąc przy dwupasmowej autostradzie, gdzieś w szczerym polu, gdy tuż obok nas przejeżdża samochód. Wydawany przez niego hałas długo dźwięczy w uszach i przypomina melodię. Nagraliśmy go dodając do niego odgłos wydawany przez toczące się kamienie. Podobne dźwięki wydają statki kosmiczne w filmie fantastyczno-naukowym, z tym, że nasze ryby mają nieco bardziej "kamienny" pogłos. Oglądając gotową sekwencję przypomniałem sobie atak myśliwców z "Gwiezdnych wojen", z tym że tamten efekt osiągnięto zupełnie innymi metodami.
