Głównym pomysłem twórców filmu było to, że Alicja jako osoba, która ma właśnie przekroczyć próg dojrzałości, powraca do magicznej krainy, znanej jej z dzieciństwa. Woolverton przedstawiła ten pomysł producentom Joe Rothowi oraz Suzanne i Jennifer Todd. Bardzo im się spodobał. Roth wyznał, że ten koncept scenarzystki zrobił na nim wielkie wrażenie. - Cała opowieść nabrała charakteru politycznej alegorii. Te istoty zamieszkujące fantastyczną krainę, Podziemie, to nie są szaleńcy, ale rodzaj rewolucjonistów. Zainteresowaliśmy pomysłem wytwórnię Disneya. Pozostało nam tylko wybrać reżysera. Miałem nadzieję, że uda się nam pozyskać Burtona.
Burton śmiał się: - Dali mi scenariusz i powiedzieli, że rzecz ma być nakręcona koniecznie w 3D. Jeszcze zanim dokładnie przeczytałem tekst, wiedziałem, że pomysł jest naprawdę intrygujący. Sugerował kształt filmu, odnosił się ściśle do książki a jednocześnie dawał wielką swobodę - to mi jak najbardziej odpowiadało.
Woolverton tak tłumaczyła swe widzenie głównej postaci: - Alicja jest w naszym filmie dziewiętnastolatką. Ma zawrzeć małżeństwo i nie jest pewna, czy rzeczywiście powinna to uczynić. A w krainie Podziemia rządzi coraz bezwzględniej Czerwona Królowa. Jej mieszkańcy potrzebują Alicji. Okazuje się, że nastąpiła pomyłka - prawdziwa nazwa krainy brzmi Underland (Podziemie), a Alicja błędnie usłyszała ją jako Wonderland (Kraina Czarów, a może raczej dziwów).
Burton tłumaczył: - Nasza Alicja jest w wieku, w którym przekracza granicę dorosłości, jest niejako zawieszona pomiędzy dzieciństwem a następną epoką swego życia. Wtedy ostatecznie kształtuje się osobowość. Ta dziewczyna nie pasuje do pełnego hierarchii i podziałów wiktoriańskiego świata. Jest skupiona na swym życiu wewnętrznym, swej wyobraźni. Sztywna struktura społeczna tamtych czasów ją krępuje.
O jej rękę zabiega syn lorda i lady Ascot, chłopak bardzo nudny. Alicja, podążając śladem Białego Królika, trafia do krainy, której obraz pamięta tylko z urywków snów. W koncepcji twórców ten świat nie jest wytworem fantazji, raczej równoległym światem. Znajdziemy w nim postaci z obu powieści Carrolla. Złe czasy nastały w Podziemiu, kiedy zaczęła nim rządzić Czerwona Królowa.
Bonham Carter tak mówiła na ten temat: - Myślę, że Linda, poprzez pewne przesunięcie akcentów, wydobyła w pełni emocjonalny kontekst tej historii. A Mia Wasikowska, filmowa Alicja, dodawała: - Gdy poznajemy Alicję, niedobrze czuje się ona w swojej skórze. To, co ją spotyka w krainie, do której trafia, wzmacnia ją, pozwala jej uświadomić sobie, czego naprawdę pragnie, zbudować nową mocną tożsamość. Suzanne Todd mówiła: - Myślę, że Tim Burton to ktoś na kształt współczesnego Disneya. Jest niepowtarzalny, imponuje równie silną, choć całkiem odmienną niż jego wielki poprzednik wyobraźnią.
