Realizacja zdjęć do 28 TYGODNI PÓŹNIEJ? zaczęła się w sierpniu 2006 roku, w Three Mills Studios na londyńskim East Endzie, i trwała dziesięć tygodni. Pierwszy tydzień Fresnadillo poświęcił na próby, potem zaś realizował zdjęcia w City, południowym Londynie i Canary Wharf, by w końcu wyjechać na tydzień w plenery Hertfordshire. Wprawdzie Dystrykt 1 umieszczono w scenariuszu na Isle of Dogs, ale zdjęcia powstały - za zgodą władz miejskich - na Canary Wharf. "Canary Wharf było idealnym miejscem ze względu na warunki realizacyjne i fabułę filmu: otoczone przez wodę jest idealnym miejscem dla wojska na fortecę. Ludzie lądują na miejskim lotnisku i przybywają tu pociągiem pod specjalnym nadzorem, by zamieszkać w koszarach" - mówi Macdonald. Kiedy Doyle, Scarlet, Tammy i Andy uciekają z Dystryktu 1 i przedzierają się przez wyludniony Londyn, powraca echo pierwszego filmu. Te sceny kręcono wczesnymi rankami na Tower Bridge, Trafalgar Square, Shaftsbury Avenue, Regents Park, Millennium Bridge i w Wembley dzięki pełnej współpracy władz miasta i policji.
Fresnadillo mówi o wyzwaniach związanych z kręceniem filmu, zwłaszcza o poszukiwaniu właściwej faktury obrazu: "Przede wszystkim chciałem, aby ta historia wyglądała prawdziwie. Postawiłem się na miejscu publiczności, która będzie oglądać ten film i zapytałem siebie, czego bym oczekiwał. Byłaby to historia soczysta pod względem wizerunku bohaterów i miejsca akcji, a jednocześnie taka, jaka mogłaby rozegrać tuż obok mnie. W ten sposób zdecydowałem się na film, będący czymś w rodzaju horroru i zarazem dokumentu, by ta historia niosła coś prawdziwego. Z drugiej strony taki film wymaga sporego wysiłku - mnóstwa kamer, zdjęć z ręki, specyficznego aktorstwa oraz szczególnej scenografii podporządkowanej tej idei. Ciekawe, że czasem przychodziło mi na myśl, że to najlepszy sposób, by stawić czoło tej historii".
"Miałem wrażenie, jakbym uczestniczył w realizacji filmu niezależnego - mówi Jeremy Renner. - Zwykle dostaje się grafik i wiadomo, kiedy wchodzisz na plan i jakie będzie następne ujęcie. Ale nie w przypadku Fresnadillo i Lópeza-Lavigne, ponieważ są to faceci, którzy pracują przy otwartej kamerze. Potrafią nakręcić ujęcie, ale chwilę potem uznać, że lepiej będzie ustawić kamerę inaczej - na przykład prosto na twoją twarz. A do tego z tą ilością zdjęć z ręki ciągle czujesz się, jakbyś był w samym środku akcji. Jakbyś rzeczywiście przedzierał się z grupą ludzi przez wyludniony Londyn".
