Wyjątkowa niespodzianka spotyka fanów, którzy pamiętają historię walki legendarnego Mew z jego klonem Mewtwo. Twórcy filmu "Pokemon: Film pierwszy" postanowili przedstawić widzom kontynuację przygód Mewtwo.
Mewtwo powraca i... bierze udział w bitwie ze swoim największym przeciwnikiem!
Ale zanim to nastąpi poznajemy nieprzystępną i piękną krainę Johto, położoną pośród groźnych gór, w której Mewtwo i klony Pokemon odnajdują miejsce, gdzie mogą mieszkać i cieszyć się życiem, z dala od wścibskich oczu i ludzkich siedzib.
Niestety, Mewtwo nie ma szczęścia. Odnajduje go Giovanni, przebiegły twórca klonów i pragnie odzyskać swoją "własność". Na scenie wydarzeń pojawia się również Zespół R. Na szczęście w pobliżu znajdują się Ash Ketchum, Pikachu i ich przyjaciele. Napięcie rośnie, akcja nabiera tempa. Niespodziewanie ujawniają się niezwykłe właściwości krainy Johto. Okazuje się, że los Mewtwo spoczywa w rękach Asha...
