Wszystko zmienia się w dniu, kiedy Megamind podczas jednej ze swoich akcji przypadkowo zabija Metro Mana. Nie mając już do pokonania żadnego wroga, zniechęcony geniusz zła postanawia stworzyć sobie nowego super-przeciwnika - większego, lepszego i silniejszego niż ten jakim kiedykolwiek był Metro Man.
Kiedy jednak rywal Megaminda zaczyna prowadzić własną wojnę, której celem jest zniszczenie świata, ten musi zdecydować: Czy potrafi pokonać własny (teraz) diaboliczny twór? Czy najinteligentniejszy człowiek świata jest w stanie podjąć błyskotliwą decyzję? A może Geniusz Zła przejdzie na drugą stronę i stanie się Bohaterem własnej historii? Film zrealizowany w technice 3D.