Akcja "Timbuktu" dzieje się w tytułowym mieście w Mali, nad rzeką Niger, w którym władze przejęli dżihadyści, którzy narzucają mieszkańcom terrorystyczny reżim. Mieszkańcom nie wolno palić papierosów, tańczyć, śpiewać ani słuchać muzyki. Zakazana jest nawet piłka nożna. Najbardziej poszkodowane są jednak kobiety, które zostają niemal całkowicie wyłączone z życia społecznego i narzuca się im przestrzeganie absurdalnych nakazów.
Kisane i jego rodzina jako nieliczni zostali oszczędzeni z chaosu zaprowadzonego przez nową władzę. Sytuacja zmienia się jednak drastycznie, kiedy mężczyzna nieumyślnie zabija sąsiada. Teraz musi stawić czoła konsekwencjom, które wyciągną od niego przedstawiciele nowego reżimu.