W okresie II wojny światowej Japończycy systematycznie łamali wszystkie amerykańskie szyfry. W roku 1942 dowódcy sił zbrojnych USA wpadli na pomysł, by do przesyłania zaszyfrowanych komunikatów używać języka Indian z plemienia Navaho. Kilkuset Navaho przeszkolono i wcielono do piechoty morskiej. Nazywano ich "szyfrantami", a kodu, którym się posługiwali, Japończykom nigdy nie udało się złamać. Dziś uważa się powszechnie, że to właśnie dzięki nim szala zwycięstwa w wojnie na Pacyfiku przechyliła się na stronę aliantów...
Akcja "Szyfrów wojny" Johna Woo ("Mission: Impossible 2", "Bez twarzy") toczy się w czasie bitwy o Sajpan. Oficer amerykańskich margines, Joe Enders (Nicholas Cage), otrzymuje niezwykły rozkaz: ma chronić szyfranta z plemienia Navaho, Bena Yahzee (Adam Beach). Rozkaz, który Enders zobowiązany jest utrzymywać w ścisłej tajemnicy mówi jasno: Joe ma chronić szyfranta, ale jeśli zaistnieje niebezpieczeństwo, że może on wpaść w ręce wroga, musi chronić kod "za wszelką cenę". Gdy Endersa i Yahzee połączą więzy przyjaźni, Joe stanie w obliczu straszliwego wyboru: skoro nie może chronić swych towarzyszy, jak daleko się posunie, by chronić klucz do szyfru?
